依據《大學法》及《大專校院學生會運作原則》規定，一所大學對外僅有一個學生會。因此，陽明交通大學於 2021 年合併成立後，將原交通大學學聯會、陽明大學學生會轉變為學生會交通分會與陽明分會，並成立「陽明交通大學學生會」（簡稱為陽明交大學生會）。交通分會及陽明分會之運行模式遵照過往方式運行。

陽明交大學生會設會長一人、學生代表大會。學生代表大會由交通分會、陽明分會各推選七名學生代表參與，通稱為中央學生代表，並於七月進行陽明交大學生會會長選舉，由學生代表大會投票選出陽明交大學生會會長。